Jednakże obecnie w okresie szybkiego postępu technicznego coraz trudniej jest, nawet małym jednostkom (instytucjom) gospodarczym, działać sprawnie bez fachowej porady specjalistów. Toteż zaistniała konieczność rozwijania struktur organizacyjnych drugiego typu, a mianowicie struktur funkcjonalnych.

System funkcjonalny możemy scharakteryzować jako taki, w którym w stosunku do wykonawców (podwładnych) - obok przełożonych, którzy określają, co ma być wykonane -> występują przełożeni funkcjonalni. Doradzają oni wykonawcom bezpośrednio, jak mają być wykonane poszczególne funkcje, a nawet czynności. Liczba przełożonych funkcjonalnych nie jest z góry określona ani też ograniczona. Może ich być tylu, ile różnych funkcji lub czynności wykonywanych jest przez danego podwładnego. Tak więc system funkcjonalny w pełni uwzględnia problematykę fachowości w kierowaniu układem (rys. 5-3b). W decyzje angażuje się specjalistów, którzy zajmują się wydzieloną i podporządkowaną im stroną układu. W ten sposób system funkcjonalny pozwala na skrócenie drogi między wyspecjalizowanym kierownikiem funkcjonalnym, a wykonawcami. Przekazywanie bowdem rad specjalistów za pośrednictwem przełożonych służbowych nie tylko przedłuża drogę łączności, ale nierzadko prowadzi do zubożenia, a nawet zniekształcenia przekazywanych rad.